A série segue as aventuras de uma equipe de cientistas no Calico, um navio de pesquisa hidrofólio, liderado pelo Capitão Carl Majors. O resto da equipe inclui o cientista Dr. Quinn Darien, seu sobrinho Pete Darien e seu assistente de pesquisa Brock. Também para o passeio está Godzuki, o "sobrinho covarde" de Godzilla e melhor amigo de Pete, que tem um papel alegre no desenho. Godzuki pode tentar voar usando as pequenas asas sob seus braços. Sempre que Godzilla tenta respirar fogo, ele normalmente só tosse anéis de fumaça (semelhante a Minilla, o filho de Godzilla dos filmes de Toho).