No futuro, a água cobriu grande parte da Terra, devido aos efeitos do aquecimento global, e a raça humana passou a viver em cidades flutuantes. A órfã Maia Mizuki, 15 anos, recém-formada do ensino médio, candidatou-se para o emprego na elite Ocean Agency, parte do governo do mundo futurista. Apenas os melhores, mais inteligentes, e fisicamente aptos alunos são escolhidos para a admissão. Mas o seu ideal de vida rapidamente se desfaz. Para sua decepção, Maia inesperadamente fracassa nos exames de admissão, apesar de suas altas notas. Para piorar as coisas, ela é despejada de sua casa, sua carteira é roubada, é tomado como refém, e baleada. É "salva" por duas mulheres (Rena e Shizuka) que fazem parte de uma organização de auxílio aos desempregados não ortodoxa chamada Nereidas (inspirada nas Nereidas da mitologia grega). Sem nenhum lugar para ir, Maia junta-se à Nereidas. Fica encarregada desde capturar criminosos procurados, até recolher gatos abandonados, muitas vezes com resultados inesperados. A palavra Daphne do título, refere-se às últimas palavras da avó de Mia. Brilliant Blue, refere-se ao fato de que este é um mundo coberto por água, com quase nenhuma terra. O mundo é constituído por vastos oceanos, algumas ilhas e cidades flutuantes.